Το Πρόγραμμα Σπουδών όλων των κατευθύνσεων του Δ.Π.Μ.Σ. «Πληροφορική και Υπολογιστική Βιοϊατρική» περιλαμβάνει μαθήματα επιλογής και εκπόνηση Μ.Δ.Ε., και κατανέμεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα. Τα δύο πρώτα ακαδημαϊκά εξάμηνα αφορούν την επιτυχή παρακολούθηση και εξέταση οκτώ (8) μαθημάτων κατεύθυνσης, τέσσερα σε κάθε εξάμηνο (χειμερινό/εαρινό), τα οποία αντιστοιχούν σε εξήντα (60) ECTS. Το τρίτο ακαδημαϊκό εξάμηνο διατίθεται για την εκπόνηση, συγγραφή και παρουσίαση της Μ.Δ.Ε. ή για την παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση επιπλέον τεσσάρων (4) μαθημάτων (πέραν των οκτώ (8)), τα οποία ο Μεταπτυχιακός Φοιτητής επιλέγει από τα προσφερόμενα μαθήματα που ανήκουν στους πίνακες των δύο άλλων κατευθύνσεων του Δ.Π.Μ.Σ., τα οποία αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS. 

Τα μαθήματα δύνανται να διδάσκονται τόσο στην Ελληνική όσο και στην Αγγλική γλώσσα. Τα εξαμηνιαία μαθήματα του προγράμματος σπουδών κάθε κατεύθυνσης που δύνανται να προσφερθούν στο ωρολόγιο πρόγραμμα, καθορίζονται από την Ε.Π.Σ. μετά από εισήγηση της Σ.Ε. βάσει των αναγκών και των διαθέσιμων πόρων. Τροποποίηση του προγράμματος των μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων μπορεί να επέλθει μετά από τεκμηριωμένη εισήγηση της Σ.Ε. και απόφαση της Ε.Π.Σ. Το αναλυτικό περιεχόμενο των μαθημάτων περιγράφεται στον Οδηγό Σπουδών. Η ύλη των μαθημάτων μπορεί να τροποποιείται ύστερα από εισήγηση των Διδασκόντων και έγκριση της Ε.Π.Σ. Προβλέπονται τακτικές συναντήσεις των συμμετεχόντων στη διδασκαλία μαθημάτων συγγενικού γνωστικού αντικειμένου με στόχο την εναρμόνιση του περιεχομένου κάθε μαθήματος. Οι ελάχιστες εβδομαδιαίες διδακτικές ώρες ανά μάθημα είναι τρεις (3). Η αναπλήρωση μαθημάτων γίνεται με ευθύνη του Διδάσκοντα ύστερα από συνεννόηση με το Συντονιστή του μαθήματος και έγκριση από τον Διευθυντή του Δ.Π.Μ.Σ. Οι διαλέξεις των μαθημάτων των Πινάκων 1 και 3 καθώς και τα εργαστηριακά μέρη αυτών πραγματοποιούνται στο Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, ενώ οι διαλέξεις των μαθημάτων του Πίνακα 2 στο Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών. Επιπλέον, είναι δυνατή η διεξαγωγή μικρού μέρους τους σε άλλο τμήμα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας ή άλλου Πανεπιστημιακού Ιδρύματος, το οποίο πληροί εξειδικευμένες σχετικές εργαστηριακές υποδομές, υπό τον όρο να υπάρξει σχετική συμφωνία με το εν λόγω Τμήμα. Η διδασκαλία και στις τρεις κατευθύνσεις του Δ.Π.Μ.Σ. γίνεται κυρίως δια ζώσης, ωστόσο η παρακολούθηση των διαλέξεων μπορεί να γίνεται και με ηλεκτρονικές διαδικασίες σύγχρονης και ασύγχρονης μάθησης, όταν αυτό είναι τεχνικώς εφικτό, με αξιοποίηση σχετικής πλατφόρμας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Εφόσον κριθεί αναγκαίο από την Ε.Π.Σ. του Δ.Π.Μ.Σ. ορισμένα μαθήματα του Π.Σ. μπορούν να διδάσκονται με την μεθοδολογία εξ αποστάσεως εκπαίδευσης, το ποσοστό των οποίων δεν θα ξεπερνά το 35% του συνόλου των μαθημάτων. Είναι δυνατόν να διεξάγεται με τηλεδιάσκεψη και μέρος των διαλέξεων των μαθημάτων που πραγματοποιούνται δια ζώσης, αν συντρέχουν ειδικοί λόγοι, μετά από τεκμηριωμένη εισήγηση του Συντονιστή και απόφαση της Ε.Π.Σ.