ΣΗΜΑΣΙΟΛΟΓΙΚΗ ΑΝΑΠΑΡΑΣΤΑΣΗ ΣΕ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ

Περιγραφή:

Πως επιτυγχάνουμε αναπαράσταση γνώσης; Τι είναι χρήσιμο να γνωρίζει ένας ερευνητής της βιοϊατρικής επιστήμης ο οποίος επιθυμεί να αναπαραστήσει τα δεδομένα του με σημασιολογικό τρόπο; Ποια η σχέση μεταξύ σημασιολογίας και δεδομένων σε βιοϊατρική πληροφορία; Ποιος ο ρόλος των Οντολογιών και πως αυτές κατασκευάζονται; Πως «μοιράζεται» η σημασιολογικά ορισμένη γνώση στην κοινότητα της βιοϊατρικής/βιοπληροφορικής;   Αυτά είναι κάποια από τα ερωτήματα που θα απαντηθούν στο μάθημα αυτό. Ο στόχος είναι να διερευνηθούν τα ερωτήματα αυτά τόσο σε θεωρητικό αλλά και πρακτικό επίπεδο, καθώς και να αναδειχθούν οι τεχνολογίες και τα απαραίτητα πρωτόκολλα με τα οποία επιτυγχάνεται η σημασιολογική αναπαράσταση σε βιοϊατρικά δεδομένα.   Πιο συγκεκριμένα θα διερευνηθεί: Η επιρροή των υπαρχόντων τεχνολογιών του σημασιολογικού ιστού και των τεχνολογιών που τον διέπουν (semantic web stack: XML, RDF, RDF Schema, OWL).Το πλαίσιο επίτευξης σημασιολογικών ερωτημάτων σε γνωσιακές βάσεις με βιοϊατρικά δεδομένα (π.χ. μέσω SPARQL).Ο διαχωρισμός μεταξύ ρητής και τεκμαιρόμενης γνώσης (explicit vs. inferred knowledge).Η εξαγωγή και επαναχρησιμοποίηση γνώσης από έγκυρες γνωσιακές βάσεις και οντολογίες (π.χ. Gene Ontology).Η κατασκευή οντολογικών σχημάτων για εφαρμογές βιοπληροφορικής / βιοϊατρικής.  

Βιβλιογραφία:
Journal of Biomedical Semantics, http://www.jbiomedsem.com,BMC Bioinformatics Biomedical Ontologies,http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/series/BIOONT, The Gene OntologyConsortium, http://geneontology.org/, http://www.w3.org/wiki/Semantic_Bioinformatics, http://www.w3.org/wiki/SemanticWebTools