Υπολογιστικη Αναλυση Βιολογικων Αλληλουχιων

Κωδικός ΜΒ13
Όνομα Υπολογιστική Ανάλυση Βιολογικών Αλληλουχιών
Εξάμηνο Χειμερινό
Περιγραφή Στοχαστική μελέτη βιολογικών αλληλουχιών (Εντροπία, Σχετική Εντροπία, Αμοιβαία Πληροφορία). Κατά ζεύγη στοίχιση αλληλουχιών (δυναμικός προγραμματισμός, ολική και τοπική στοίχιση – αλγόριθμος των Needleman και Wunch, αλγόριθμος των Smith και Waterman, υπολογισμός της στατιστικής σημαντικότητας της στοίχισης, πίνακες ομοιότητας και η σημασία τους, ποινές για τα κενά, ευριστικές μέθοδοι για αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων BLAST, FASTA). Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών (Πολυδιάστατοι αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού, ευριστικές μέθοδοι πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών – CLUSTAL, KALIGN, MUSCLE, T-Coffee. Αξιολόγηση των πολλαπλών στοιχίσεων). Αναζήτηση προτύπων σε αλληλουχίες (Κανονικές εκφράσεις, PROSITE, weight matrices, profiles, PSSMs, PSI-BLAST, PHI-BLAST). Φυλογενετική Ανάλυση (Βασικές αρχές φυλογενετικής, δέντρα, στοχαστικά μοντέλα της εξελικτικής διαδικασίας, μέθοδοι βασισμένες στους χαρακτήρες, μέθοδοι βασισμένες στην απόσταση). Αλγόριθμοι πρόγνωσης στηριζόμενοι στην ακολουθία πρωτεϊνών και DNA (Πρόγνωση δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών και RNA, πρόγνωση διαμεμβρανικών τμημάτων πρωτεϊνών και προσανατολισμού τους, εύρεση πιθανών γονιδίων σε ακολουθίες DNA). Hidden Markov Models (Oι αλγόριθμοι forward και backward, αποκωδικοποίηση, εκτίμηση παραμέτρων, ειδικές τροποποιήσεις του Hidden Markov Model για βιολογικά δεδομένα). Νευρωνικά Δίκτυα στη Βιοπληροφορική (Εισαγωγή στα Νευρωνικά Δίκτυα, Εφαρμογές). Συγκριτική και υπολογιστική γονιδιωματική (μέθοδοι ανάλυσης γονιδωμάτων, εφαρμογές). Δομική βιοπληροφορική (Αναπαράσταση βιολογικών δομών, αναγνώριση πρωτεϊνικού διπλώματος, προσαρμογή και υπέρθεση δομών στο χώρο, συγκριτική προτυποποίηση με βάση την ομολογία, Αγκυροβόληση δομών). Υπολογιστικές Γραμματικές (Η ιεραρχία του Τσόμσκι, παραδείγματα και εφαρμογές -αναδίπλωση RNA, πρωτεϊνών).  
ECTS 7,5
Βιβλιογραφία ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, ΜΠΑΓΚΟΣ ΠΑΝΤΕΛΕΗΜΩΝ, “Ελληνικά Ακαδημαϊκά Ηλεκτρονικά Συγγράμματα και Βοηθήματα – Αποθετήριο “”Κάλλιπος”””, 1η/2016, ΑΘΗΝΑ, 59303485
Ανάλυση Βιολογικών Αλληλουχιών, R. Durbin, S. R. Eddy, A. Krogh,Gr. Mitchison. Επιστ. Επιμ. Γ. Εμίρης, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΠΕΔΙΟ Α.Ε., 1η /2016, ΑΘΗΝΑ, 50657616
Εισαγωγή στους Αλγόριθμους Βιοπληροφορικής, NEIL C. JONES, PAVEL A. PEVZNER, “ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΛΕΙΔΑΡΙΘΜΟΣ ΕΠΕ” , 1η/2010, ΑΘΗΝΑ, 21522  
Τρόπος Αξιολόγησης Γραπτή Εξέταση
Συντονιστής Παντελής Μπάγκος (email: pbagos@compgen.org)
Διδάσκοντες Παντελής Μπάγκος, Παναγιώτα Κοντού

yozgat escort kars escort tokat escort osmaniye escort bayburt escort afyon escort kahramanmaraş escort çorum escort fethiye escort kastamonu escort balıkesir escort erzurum escort sivas escort düzce escort ordu escort manavgat escort burdur escort adıyaman escort aydın escort giresun escort mardin escort kutahya escort şanlıurfa escort yalova escort van escort kırklareli escort bilecik escort karaman escort muğla escort zonguldak escort